Научная работа кафедры разнообразна. Основными темами являются:

• Современная диагностика и лечение хирургических заболеваний органов грудной и брюшной полости,
• Лечение социально-значимых заболеваний в хирургии,
• Внедрение инновационных методов в лечении хирургической инфекции и спаечной болезни.

      Ежегодно преподаватели кафедры публикуют до 50статей и тезисов, участвуют 3-х в 4-х конференциях различного уровня. В течении последних 5 лет сотрудниками кафедры получено 10 инновационных патентов.

За последние 13 лет на кафедре защищено 6 докторских и 12 кандидатских диссертаций.

В   2010 году на кафедре  завершена и защищена докторская диссертация.

В юбилейный год 2010 кафедра  провела Международную Конференцию «Актуальные вопросы гнойной хирургии» с выпуском сборника статей.

В 2012 г. кафедра провела конференцию «Новые технологии в хирургии для практического здравоохранения».

В 2013году кафедра провела конференцию «Новые технологии в хирургии и травматологии».

В 2014  году к 80-летнему    Юбилею кафедры и 125- летию С.Д. Асфендиярова провели Международную научно-практическую конференцию «Современные тенденции в развитии хирургии».

В 2016 году провели городскую научно-практическую конференцию «Современные аспекты лечения гнойных осложнений синдрома      диабетической стопы»

С момента образования кафедры работает научный студенческий кружок. Ежегодно  в работе кружка участвуют студенты, которые в будущем хотят посвятить жизнь служению хирургии. Сегодня  в работе кружка участвуют  около 30 студентов из разных факультетов.

В 2010 году кафедра подготовила доклад  для студенческого Дня Науки. Доклад прошел второй и третий туры. Кафедра получила сертификат участника.

В 2013 году 1 работа прошла на 3 тур научно- студенческой конференции. На третьем туре одна работа заняло третье место. Докладчик 1 работы получила сертификат участника.

В 2014 году студенты научного кружка выступив с докладом «Экспериментальная оценка эффективности гемостатических препаратов для эндоскопического гемостаза при желудочно-кишечных кровотечениях» на Международной научно-практической конференции студентов и молодых ученных «Интеграция студенческой науки в международное пространство», посвященной 125-летию С.Д. Асфендиярова заняли 1 место.

Члены научного кружка кафедры общей хирургии получили Диплом II степени и Диплом III степени на XVI международной научной конференции молодых ученных и студентов прошедшей в Западно-Казахстанском  Государственном медицинском университете имени Марата Оспанова. Посвященный 25 летию незовисомости РК и опубликованы на сборнике, 27 апреля 2016 года, г. Актобе.

В 2017 году в декабре в межфакультетской конференции КазНМУ научная работа студентов под руководством доцентов Каныбекова А., Маленковой С.А. удостоена дипломом 3 степени.

Ежегодно в Сборнике НИРС  КазНМУ  им. С.Д. Асфендиярова публикуются студенческие научные работы