Кафедра общей хирургии была организована при Алма-Атинском государственном медицинском институте в 1934 году. Первым заведующим этой кафедрой был избран профессор А.Н. Сызганов.

1934-1963 гг. – зав. кафедрой профессор Сызганов Александр Николаевич.

1963-1971 гг. – зав. кафедрой профессор Чуваков Кожахмет Чувакович.

1971-1981 – зав. кафедрой общей хирургии лечебного факультета профессор Чуваков Кожахмет Чувакович.

1971-1981 гг. – зав. кафедрой общей хирургии педиатрического факультета профессор Даиров Алмагамбет Бекишевич

1981 – объединение кафедр общей хирургии лечебного и педиатрического факультетов.

1981-1985 – зав. кафедрой профессор Даиров Алмагамбет Бекишевич

1985-1988 – зав. кафедрой профессор Головачев Валентин Лукич

1988-2009 – зав. кафедрой профессор Дурманов Калыбай Дурманович

2009 — 2011 -зав. кафедрой доцент Капанова Гульнар Жамбаевна

С сентября 2011 по апрель 2012 исполнял обязанности зав. кафедрой профессор Кыжыров Ж.Н.

С апреля 2012г по настоящее время зав. кафедрой общей хирургии является профессор Муканов Марат Умербекович.

С 2010г. от кафедры отделился курс анестезиологии и реаниматологии и преобразовался в самостоятельную кафедру.

На кафедре в разные годы работали Сулейменов Аргын Аргынович, впоследствии профессор, директор Института онкологии; Идрисов Акрам Салимович, впоследствии профессор, зав. кафедрой онкологии АГИУВ; Касенов Толеутай Сармантаевич, впоследствии профессор кафедры общей хирургии.

Сегодня кафедра — это большой коллектив профессионалов, занимающийся научными исследованиями и образовательным процессом, активно участвующий в жизни университета и оказывающий профессиональную лечебно-диагностическую помощь практическому здравоохранению. К юбилею университета кафедра выпустила стенд и фильм об истории кафедры.

В связи с реорганизацией кафедр в сентябре 2017г. объединены кафедры общей хирургии и хирургии №2,  заведущим кафедрой является профессор Муканов Марат Умербекович.