1990 жылы Қазақстанда клиникалық фармакология кафедрасы ашылды, оны 2000 жылға дейін М.ғ. д., профессор И. Р. Құлмағамбетов басқарды. 2001 жылдан 2002 жылға дейін кафедра жалпы фармакология кафедрасы жанынан курс болып қайта құрылды, 2003 жылы курс ішкі аурулар кафедраларының құрамына кірді.

2003 жылдың қыркүйек айында клиникалық фармакология, фармакотерапия, Эндокринология, ЕДШ және физиотерапия кафедрасы қайта құрылды.

2012 жылдың қыркүйек айынан бастап 2017 жылға дейін кафедраны М. ғ. д., профессор Кайрбеков А. К. басқарды.

2018 жылдың ақпан айынан қазіргі уақытқа дейін кафедраны ҚР Ұлттық Ғылым академиясының академигі, Қазақстанның еңбек сіңірген қайраткері, ғылым және техника саласындағы мемлекеттік сыйлықтың лауреаты, медицина ғылымдарының докторы, профессор К. Д. Рахимов басқарады.