Балалар жұқпалы аурулар кафедрасы 1952 жылы 1 қыркүйек күні құрылған. Осы уақытқа дейін балалар жұқпалы аурулары педиатрия кафедрасының факультетінің құрамында болған. Кафедраны 1952 жылдан 1954 жылға дейін профессор Е.Н. Бартошев басқарған.
1954 жылдың қыркүйек айынан, 33 жыл бойы балалар жұқпалы аурулары кафедрасын біртуар балалар инфекционисті және педиатр Т.Н. Никонова басқарған. Т.Н. Никонова жетекшілігінде 50 адам кандидаттық диссертациясын қорғады. Олардың кафедрадағы зерттеу жұмыстары балалар жұқпалы ауруларындағы ең өзекті сұрақтарға арналған (дифтерия, көкжөтел, жәншау, іш сүзегі, вирусты гепатиттер), ревматизм мәселесіне, лор және жүрек-қан тамыр жүйесінің жұқпалы емес аураларында қамтыған. Т.Н. Никонова төрт докторанттың ғылыми кеңесшісі болған. Оның қаламынан – 225тен аса ғылыми басылым, бес монография, оның біреуі Аль-Фараби атындағы сыйға лайық болған. Онымен Қазақстан Республикасында педиатр-инфекционисттер мектебі құрылған.
Профессор Т.Н.Никоновамен бірге өзінің ғылыми-педагогикалық жұмысын келесі доценттер бастаған: М.Д.Исмагулова, Ф.Х.Мусабаева, ассистенттер Г.И.Червоний, М.А.Андреева. Айтылғандардың барлығы «Атақты оқытушылар» болған. Қызметкерлердің келесі ұрпағы: Е.А.Огай, доценттер: Т.П.Григорьева, С.С. Концевая, Р.Г.Касымбекова, Т.Султанова, Н.А.Аспетова, ассистенттер: Т.Р.Казмагамбетова, О.Ф.Овчинникова, Н.Ф.Шелехова, А.А.Измайлова.
Т.Н.Никонованың берген эстафетасы келесі оқушыларға берілді, 1987 жылы кафедраны басқарған профессор Елена Александровна Огай-кафедраның бірінші аспиранты, дәрігерлерді дайындауға және ғылыми кадрларды даярлауға көп еңбек сіңірген. 1987 жылмен 1997 жылдары 160 баспа жұмысы, 2 монография шығарылып, оның жетекшілігімен 2 докторлық диссертация және 15 кандидаттық қорғалған.
1997 жылдан кафедраны профессор Е.А.Огай оқушысы– профессор, м.ғ.д. Куттыкужанова Галия Габдуллақызы басқарған.
1997 жылдан 2014 жылға дейін кафедраны басшылық еткен Г.Г. Куттыкужанова кезінде кафедра бактериальдық және вирустық аурулар ғылыми жұмысын жалғастырды: вирусты гепатиттер, ішек инфекциясы, жедел респираторлы аурулар. Қазіргі кезде келесі инфекциялар зерттелді- иерсиниоз, листериоз, АИВ инфекция, пневмококк және гемофильді этиологиялы менингиттер. Г.Г. Куттыкужанованың жетекшілігімен 7 адам кандидаттық диссертациясын, 2 адам докторлық қорғаған. Ол жемісті еңбегі үшін «Денсаулық сақтау үздігі» белгісімен, «Алтын дәрiгер», «Еңбек ардагері» медалімен, «AVE VITAE» орденімен марапатталған. Онымен бірінші рет студенттер мен дәрігерлерді үйрететін балалар жұқпалы аурулары оқу құралы басылымға шықты.
Қазіргі кезде кафедраны м.ғ.д. Катарбаев Адыл Каирбекұлы басқаруда.
Бүгін кафедрада жемісті және түгелдей кафедраның ардагерлері жұмыс атқаруда: профессор, м.ғ.д. Г.Г.Куттыкужанова, профессор, м.ғ.д. А.С.Тыныбеков, сондай ақ ассистент З.Т.Егеубаева. Қазіргі кезде кафедрада 7 доцент жұмыс атқаруда: Г.К.Ксетаева, М.В.Головенко, Л.Т.Ералиева, К.А.Умешева, А.Т.Джумабекова, Г.Ж.Оналбаева, А.Ж.Танирбергенова және ассистент Э.С.Литош.
Заманауи кезеңде кафедрада тереңінен зерттеліп жатыр жұқпалы үрдістің патогенетикалық тізбегі, иммунологиялық зерттеудің қазіргі әдістерін қолдану, этиологиялық мағынасын ашу, антибактериальді және вирусқа қарсы этиологиялы өткізу. Кафедра көп көңілді тәжірибелік медицинаға арнайды, Қазақстанның алыс өңірлеріне барып педиатриялық және жұқпалы аурулар саласындағы қызметкерлерге семинар өткізеді. Балалар қалалық жұқпалы аурулар ауруханасы қызметкерлері кафедра қызметкерлері ұсынған зерттеудің және емдеудің жаңа әдістерін қолдануда. Кафедраның және базалық аурухананың заманауи жұмысының арқасында аурухана конкурсында «Жылдың ең үздік стационары» номинациясын алды. Кафедра ұжымы әрдайым ұйымшылдығымен, бірін бірі қолдаумен, жоғары іскерліктің арқасында факультет, университет арасында бірнеше рет бірінші орында жүрген.