Кафедра детских инфекционных болезней была основана 1 сентября 1952 года. До этого времени курс детских инфекций велся при кафедре факультета педиатрии. Кафедру возглавила профессор Е.Н. Бартошевич с 1952 по 1954 годы.
С сентября 1954 года, в течение 33 лет возглавляла кафедру детских инфекционных болезней выдающийся детский инфекционист и педиатр Т.Н. Никонова. Под руководством Т.Н. Никоновой успешно защитили кандидатские диссертации 50 человек. Их исследования на кафедре были посвящены самым актуальным вопросам детской инфекционной патологии (дифтерия, коклюш, скарлатина, брюшной тиф, вирусные гепатиты), проблемам ревматизма, неинфекционным заболеваниям лор и сердечно-сосудистой системы. Т.Н. Никонова была научным консультантом четырех докторантов. Из — под ее пера вышли более 225 научных публикаций, пять монографий, одна из которых была удостоена премии имени Аль-Фараби. Ею создано в Республике Казахстан школа педиатров-инфекционистов.
Вместе с профессором Т.Н.Никоновой начинали свою научно-педагогическую деятельность доценты: М.Д.Исмагулова, Ф.Х.Мусабаева, ассистенты Г.И.Червоний, М.А.Андреева. Все они были «Учителями с большой буквы». Следующим поколением сотрудников были: Е.А.Огай, доценты: Т.П.Григорьева, С.С. Концевая, Р.Г.Касымбекова, Т.Султанова, Н.А.Аспетова, ассистенты: Т.Р.Казмагамбетова, О.Ф.Овчинникова, Н.Ф.Шелехова, А.А.Измайлова.
Эстафета была принята учениками Т.Н.Никоновой, в 1987 году кафедру возглавила после нее профессор Елена Александровна Огай — первая аспирант кафедры, которая внесла большой вклад в подготовку врачебных и научных кадров. Ею за период с 1987 по 1997 год опубликовано было 160 печатных работ, 2 монографии, под ее руководством защищены 2 докторские диссертации и 15 кандидатских.
С 1997 года кафедру возглавила ученица профессора Е.А.Огай – профессор, д.м.н. Галия Габдуллаевна Куттыкужанова.
С 1997 года по 2014 год, за время заведования кафедрой Г.Г. Куттыкужановой, кафедра продолжила исследования бактериальных и вирусных заболеваний: вирусные гепатиты, кишечные инфекции, острые респираторные заболевания. На современном этапе были изучены следующие инфекции — иерсиниоз, листериоз, ВИЧ — инфекция, менингиты, пневмококковой и гемофильной этиологии. Под руководством Г.Г. Куттыкужановой успешно защитили кандидатские диссертации 7 человек, 2 докторские. За плодотворную работу она награждена значком «Отличник здравоохранения», медалями «Алтын дәрiгер», «Еңбек ардагері», орденом «AVE VITAE». Ею впервые выпущено учебное пособие по детским инфекционным болезням для обучения студентов, врачей.
В настоящее время кафедру возглавляет д.м.н. Катарбаев Адыл Каирбекович.
Сегодня на кафедре плодотворно и полноценно работают ветераны кафедры: профессор, д.м.н. Г.Г.Куттыкужанова, профессор, д.м.н. А.С.Тыныбеков, а также ассистент З.Т.Егеубаева. В настоящее время на кафедре работают 7 доцентов: Г.К.Ксетаева, М.В.Головенко, Л.Т.Ералиева, К.А.Умешева, А.Т.Джумабекова, Г.Ж.Оналбаева, А.Ж.Танирбергенова и ассистент Э.С.Литош.
На современном этапе углубленно изучаются на кафедре патогенетические звенья инфекционного процесса, применение современных методов иммунологического исследования, этиологической расшифровке, проведения антибактериальной и противовирусной этиологии. Много внимания кафедра уделяет практической медицине, проводя семинары с работниками всех звеньев педиатрической и инфекционной службы, выезжая в отдаленные районы Казахстана. В детской городской клинической инфекционной больнице кафедрой успешно применяются новые методики обследования и лечения пациентов, разработанные сотрудниками кафедры. Благодаря современной работе кафедры и базовой больницы, последняя стала номинантом в конкурсе «Лучший стационар года». Коллектив кафедры всегда отличался сплоченностью, взаимовыручкой, высокой работоспособностью, что позволяло ему неоднократно занимать первые места не только в масштабе факультета, но и университета.