Кафедра детской хирургии была открыта в 1957 г. Первым заведующим кафедрой на клинической базе в 50 коек назначается кандидат медицинских наук доцент Е.Д. Черкасова. Вначале кафедра располагалась на базе городской клинической больницы №1, с 2015 г. кафедра находиться на базе университетской клиники «Аксай».
С первых дней существования кафедры с целью подготовки высококвалифицированных кадров и развития детской хирургии начинает свою работу студенческий кружок. Одним из активных членов этого кружка – студент педиатрического факультета Камал Саруарович Ормантаев. В 1958-59гг. он успешно делает доклад «Реакция отравленной свинцом собаки на кровопускание» (1958г.), «О вопросах врожденной косолапости» (1959г.), на всесоюзных конференциях научных студенческих кружков, проходивших в Нижнем Новгороде и Саратове, где знакомится с основателями школы детской СССР, со знаменитым ученым, профессором С.Д. Терновским.
В 1968г. на заслуженный отдых выходит Е.Д. Черкасова. С этого года по 2011 гг. заведует кафедрой академик К.С. Ормантаев. С 2012 по настоящее время заведует кафедрой профессор Ормантаев А.К.
Под руководством академика Ормантаева К.С., с участием ведущих сотрудников кафедры защищено 16 докторских и более 120 кандидатских диссертаций.
Сегодня коллектив кафедры представлен высококвалифицированными специалистами: акад. НАН РК, Заслуженный деятель науки, д.м.н. академик К.С. Ормантаев, проф. Ормантаев А.К., Э.А. Ойнарбаева, К.Т. Турсунов, доценты А.О. Момынкулов, А.Д.Сепбаева, Хван Ю.М., ассистенты Г.Т. Султанкулова, Ж.М.Турлекиева, Д.У. Смагулова.
Сотрудниками кафедры опубликовано более 1000 научных работ, в числе которых 9 глав в союзных руководствах по детской хирургии и 14 монографий.
Настольными научными трудами детского хирурга, из которых черпаются рекомендации на каждый день, являются книги, написанные К.С. Ормантаевым и в соавторстве его с другими учеными: «Сотрясение головного мозга у детей», «Двусторонние хронические гнойные заболевания легких у детей», «Мочекаменная болезнь у детей», «Детская травматология», «Внутрикостное промывание при остеомиелите у детей», «Тяжелая черепно-мозговая травма у детей», «Экология жэне ана мен бала денсаулыгы».
Ныне покойным профессором Кожахановым К. К. написаны монографии на казахском языке: «Хирургические гнойные заболевания у детей» (Алматы, 1992г.) и «Диагностика и лечение острых хирургических заболеваний у детей» (Алматы, 1995г.).
Профессором Ешмухамбетулы С. изданы монографии «Хронический цистит у детей» (Алматы, 1983г.), «Уход за хирургическими больными детьми» (Алматы, 1993г.), «Детская урология» (Алматы, 1993г.) и глава «Циститы у детей» в руководстве «Детская урология» (Москва, 1986г.).
Сотрудниками кафедры разработан и внедрен в практику целый ряд принципиально новых методов оперативных вмешательств при тяжелых травмах и перитонитах различной этиологии, химических ожогах пищевода и врожденных пороках развития, приоритет которых подтвержден более 90 изобретениями и патентами.
В 1999 г. за большой вклад в научные разработки в области детской хирургии академику Ормантаеву К.С., профессору Кожаханову К.К., профессору Джумабекову Т.А., доценту Ерекешову А.Е., д.м.н. Карабекову А.К. присуждена Государственная премия РК в области науки.
Добрая традиция ежегодного участия членов научного студенческого кружка кафедры детской хирургии не угасла и по сегодняшний день. Такие города, как Москва, Ленинград, Минск, Рига, Таллин, Кишинев, Киев, Ташкент, Тбилиси, Алматы, Баку, Бишкек, помнят блестящие научные доклады наших кружковцев. Активность, высокий уровень исследовательской работы, большое число публикаций позволяют СНК кафедры детской хирургии АГМИ постоянно быть в числе лидеров как в Советском Союзе, так и в СНГ, что подтверждается дипломами лауреатов I и II степеней. Приток молодых кадров позволяет кафедре с оптимизмом смотреть на будущие перспективы детской хирургии в Казахстане.