В 1990 году в Казахстане была открыта кафедра клинической фармакологии, которую до 2000 года заведовал д.м.н, профессор И.Р.Кулмагамбетов. С 2001 по 2002 год кафедра была реорганизована в курс при кафедре общей фармакологии, в 2003 году курс вошел в состав кафедры внутренних болезней.

В сентябре 2003 года вновь создана  кафедра клинической фармакологии, фармакотерапии, эндокринологии, ЛФК и физиотерапии, которой  до сентября 2012 года заведовала д.м.н., профессор Жанпеисова А.А.

С сентября 2012 года по 2017 года кафедрой заведовал д.м.н., профессор Кайрбеков А.К.

С февраля 2018 года по настоящее время  кафедру возглавляет  Академик Национальной академии наук РК, Қазақстанның еңбек сіңірген қайраткері, лауреат Государственной премии в области науки и техники,  доктор медицинских наук, профессор Рахимов К.Д.